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质谱仪按应用范围分为无机质谱仪和有机质谱仪，选择质谱仪的核心是选择适合被检测的样品的质谱仪，不同的质谱仪用途不同。
一，有机质谱仪
有机质谱仪主要用于有机化合物的结构鉴定，它能提供化合物的分子量、元素组成以及官能团等结构信息。分为四极杆质谱仪、飞行时间质谱仪、离子阱质谱仪。
四级杆质谱仪：
四级杆质谱仪是质谱仪的原型，它的结构和电路都相对其他质谱仪要简单，需要的真空度较低，成本也相对低廉，色谱-质谱联用中主要是使用四级杆质谱仪。四级杆质谱仪每次只允许单一荷质比的离子通过，在扫描较大质量区间时，四级杆质谱仪所需的时间要很长。现在四级杆质谱仪的主要应用是二重四级杆质谱仪和三重四级杆质谱仪，提高了检出限和对大分子的分析能力，例如药物大分子和生物分子。
飞行时间质谱仪：
飞行时间质谱仪可检测的分子量范围大，扫描速度快；四级杆质谱在采样过程中，每次只允许一个特定的m/z通过，因此如果要获得完整的质谱图，需要对不同的m/z进行连续扫描。而飞行时间质谱仪在每次进样时，可以全谱采集样本中所有的m/z，提高了数据采集效率，并允许回溯分析。
离子阱质谱仪：
离子阱质谱仪在做多级质谱分析方面有性能（非常容易就能做到3级以上的MS）上的优势；但是由于仪器复杂，需要的真空度非常高，所以使用成本较高。离子阱色谱仪被广泛应用于蛋白质组学和药物代谢分析，在定性方面有较大优势。已经出现了很多离子阱质谱与其它分析仪器联用的技术，如气相色谱-离子阱质谱联用仪（GC-ITMS）。但是在三重四极杆质谱仪出现之后，优势渐渐消失。
二，无机质谱仪
无机质谱仪主要用于无机元素微量分析和同位素分析等方面。分为电感耦合等离子体质谱、火花源质谱仪、离子探针质谱仪、激光探针质谱仪、辉光放电质谱仪。
电感耦合等离子体质谱仪：
电感耦合等离子体质谱仪ICP-MS是主要用于无机元素和同位素分析的检测仪器。特点：灵敏度高；速度快，可在几分钟内完成几十个元素的定量测定；谱线简单，干扰相对于光谱技术要少；线性范围可达7～9个数量级；样品的制备和引入相对于其他质谱技术简单；既可用于元素分析，还可进行同位素组成的快速测定；测定精密度(RSD)可到0.1%。
火花源质谱：
可以进行固体样品的整体分析，而且可以进行表面和逐层分析甚至液体分析，特别适用于固体样品分析。火花源质谱法几乎能分析所有的元素。由于绝大多数元素的电离效率彼此相差不超过3倍，因此，不需要进行校正就可获得半定量结果。若采用内标或同位素稀释法，则可获得定量结果。谱线简单，干扰相对较少。当严格控制火花条件和采用内标时方法准确度较高，精密度（RSD）在2%～5%。
辉光放电质谱仪：
分辨率高，可进行高灵敏度，高精度分析，适用范围包括元素周期表中绝大多数元素，分析速度快，便于进行固体分析。元素周期表中除氢（H）外的所有元素，包括常用分析方法难以测定的C、N、O、P、S等轻元素。辉光放电质谱仪检出限超低，大多数元素的检出限为0.1~0.001 ppm。
由中国石油和化工网机械设备编辑部整理
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