偏光显微镜在光学显微镜的光学系统中插入了起偏振镜和检偏振器，用以检查样品的各向异性和双折射性的显微镜。起偏振镜和检偏振镜都是由偏光棱镜或偏光板的尼科耳（nicol）棱镜制成。前者安装在光源与样品之间，后者安装在接物镜与接目镜之间或接目镜之上。在生物样品中，肌肉纤维、骨骼和牙齿等具有各向异性，淀粉粒、染色体和纺锤体等具有双折射性，因此被用于组织细胞的化学研究。光源最好用单波长光线。
偏光显微镜的使用过程中，会进入些灰尘，油脂之类的东西，这些杂质会对偏光显微镜的成像有很严重的影响，如何清洁显微镜，下面就给大家来推荐下方法：
1、用清洁空气吹掉表面浮尘。如果不能吹干净，取两张镜头纸裹在棉签上或将镜头纸折叠使之比要清洁的面积稍大。
2、擦拭光学零件表面时，首先应用石油醚将毛砂面和框擦干净。
3、擦拭圆形零件时，棉花球应从中心向边缘作螺旋线移动，同时棉花球本身也应转动，并顺势将棉球从镜片表面移出，不要在镜片边缘停留，以免留下印迹，如果利用回转器擦拭，则擦拭时，棉球应由中心向边缘作直线移动，棉球本身同时转动（棉球的自转量应略小于一周为宜）。
4、擦拭棱镜时，可将棉球横放于被擦拭的表面，以直线形式进行擦拭。
5、应在相对清洁的房间内擦拭，并用脱脂长绒棉擦拭，棉球上所含的清洗液不宜过多，擦拭时应在分划板刻线的交叉方向移动擦拭，以免将刻线内的填料层擦掉。
6、在擦拭胶合光学零件时，棉球蘸混合液不应过多，以免溶剂侵入胶合层引起脱胶。
7、镀铝加保护膜的反射零件，如果保护膜比较牢，可用蘸少许混合液的棉球或仔细脱脂的砂布擦拭。
8、棉球应卷好，卷棉球的竹棍头部不应外露，以免划伤零件。棉球的大小和形状应随零件的大小和种类不同，一般是圆形零件用圆柱形棉球，平面零件用扁平形棉球，除镀膜表面（特别是反射镁）用松软的棉球外，其余情况下应把棉球卷紧。
9、蘸混合剂的棉球侵入溶剂内时请不要超过三分之一的棉球长度。