专家表示，对生物洁净室的设计应注意这几点。第一，洁净室的设计和施工应符合标准。对有万级到30万级要求的由多间洁净室组成的企业，设计、承建方统一按万级要求去做；提高洁净室的洁净级别，企业为了今后的发展可以预留一些房间，但平时可不开空气净化系统；应根据不同生产工艺、不同生产工序对环境洁净度的不同要求，进行设计、施工。
第二，不宜采用上送上回的方式。上送上回的好处是造价低、节约资金，但它会出现很多问题，比如，微粒数过多；工作区的风速小，难以达到标准；自净时间比较长等。
第三，没有考虑对气流流型和空气洁净度的影响。“非单向流洁净室只设单侧回风，增加了非单向流洁净室的涡流区，也增加了交叉污染的机会。”专家表示，非单向流洁净室的回风口未远离工作区、需排风的工艺设备未布置在洁净室的下风侧、余压阀未布置在洁净气流的下风侧等都会产生影响。
第四，要注意洁净室的换气次数。换气次数、压差、悬浮粒子数是洁净室三相基本要求。洁净室无论是乱流时的稀释作用，还是单相流时的置换作用，都需要靠洁净空气的量来控制和实现洁净室的各种参数。因此，洁净室的换气次数不能过低。
第五，要注意过滤器的选用。洁净室厂家表示，末级过滤器的性能要可靠，预过滤器的效率规格要合理，初级过滤器和预过滤器的维护要方便。另外，高效过滤器要经过逐台检验。
另外，在保证生物洁净室的洁净方面，也有一些技巧值得用户借鉴。许多洁净室的设计人员和操作人员认为，没有必要使用变速驱动冷冻机，因为负荷通常是恒定的，多级冷冻机机组通常控制为高负荷运转。
但是负荷恒定的冷冻机通常工作在满负荷以下，变速驱动冷冻机通常工作在全负荷的90%-95%以节省能量。一台1000吨的冷冻机稳定工作在满负荷的70%，如果使用了变速驱动，每年就可节省两万到三万美元。根据生产商的数据，电能的价格是0.05美元/千瓦时，这样大约一年就可以回收成本。
此外，一种“自由冷却”方案适用于需要恒定的冷冻水以及风机盘管的系统，比如洁净室。自由冷却技术直接利用处在低温或低湿度环境中的冷却塔制造冷冻水，减少或取代冷冻机的使用。根据天气的变化，使用自由冷却系统可以把冷却系统的能耗减少到十分之一。我国很多地方每年其实都有一部分的时间可以进行自由冷却。
当然，马达也消耗了洁净室的大部分电能。连续运转的马达每月消耗大量的电力。适当地提高效率、适当地调节尺寸，在翻新后，会达到不错的经济效果。效率增加几个百分点，利润就可增加。
而使用精良的马达，不一定会花费太多。高效率意味着，在改变马达的尺寸之前先尽量减小负荷。在输出量变化时，利用变速驱动（VSD）可以提高操作效率。