它是用高压输液泵将具有不同极性的单一溶剂或不同比例的混合溶剂，缓冲液等流动相泵入装有固定相的色谱柱，经进样阀注入供试品，由流动相带入柱内，在柱内各成分被分离后依次进入检测器，色谱信号由记录仪、积分仪或色谱工作站记录。
高效色谱柱是高效液相色谱的心脏，在高效液相色谱仪的使用中，保持色谱柱的柱效、容量和渗透特性，延长柱子的使用寿命非常重要。
色谱柱使用一段时间后就会出现柱压升高、柱效降低、峰形畸变和分离度降低、保留时间改变等变化，如不采取措施，将会缩短色谱柱的使用寿命，影响工作效率，并造成一定的经济损失。因此，有必要加强和规范色谱柱的管理，从而延长色谱柱的使用寿命。
影响色谱柱使用寿命的因素
1 流动相
在以水溶液为流动相时，水溶液中的微生物例如细菌容易生长，当用水溶液或有机酸缓冲液保护柱子时，一些霉菌可能在色谱柱中滋生，堵塞固定相颗粒间的空隙。由于湿法填充技术的问世，目前普遍使用的色谱柱填料直径一般都小于10um，流动相中的颗粒杂质很容易先沉积在柱头然后慢慢堵塞柱子。流动相的pH值对色谱柱也有影响，特别是对化学键合硅胶填料，水溶液的pH***适范围在2~7.5之间，当pH>8时，硅胶会释出生成絮状物堵塞柱子，且难以复原，柱效很快降低，甚至完全失效。
当在缓冲液中加入有机溶剂例如甲醇或乙腈时，盐类的溶解度下降，会析出盐沉淀，堵塞柱子。同时流动相中的有机溶剂和盐会腐蚀色谱柱头的筛板，产生柱头凹陷。流动相的极性对柱子也有一定影响，对于硅胶柱，甲醇、水、冰乙酸等极性较大物质会破坏填料；反之，对于化学键合硅胶，极性小的物质如正丁醇、二氯甲烷等也起同样的作用。碱性溶液会破坏阳离子交换树脂色谱柱，而酸性溶液容易损坏阴离子交换树脂柱。
2 样品和固定相
如果有少量或微量的样品不能够溶解在流动相中，在通过固定相会堵塞柱子，样品中的颗粒杂质也会堵塞柱子。样品组分例如糖、蛋白质等通过柱子时会产生不可逆吸附，这样固定相的活性点被覆盖。样品组分还会与固定相产生反应，尤其是对于氨基柱的影响较为严重。因为氨基易与酐、酮形成希夫（Schiff）缩合而减少活性点，使保留时间缩短。色谱柱键合相基团脱落、固定相分解和活性基团变性以及会影响柱效和保留时间的显著改变。大多数键合相都是通过硅氧硅键（Si-O-Si）连接在硅基质上，形成带有有机基团的固定相Si-O-Si-R（R为CnH2n+1），硅氧硅键可能在水溶液中水解而断裂，使键合基团脱落。