《办法》提出，国家救灾农药储备遵循企业储备、政府补助、市场运作、自负盈亏的运行原则。国家发改委、财政部会同农业农村部根据形势变化，确定国家救灾农药储备规模。农业农村部确定储备品种及形态，组织选定承储企业，下达储备计划及动用指令。供销合作总社配合农业农村部做好承储企业选定、事中事后监管、宣传引导等相关工作。国家救灾农药储备任务由企业自愿承担并自负盈亏，所需资金可向中国农业发展银行等申请贷款解决，中央财政给予资金补助。中央政府或地方政府利用农作物病虫害防治资金采购农药时，应优先采购国家救灾储备农药。
《办法》还规定，国家救灾农药年度储备时间为12个月；储备品种选定坚持常态救灾和非常态救灾相统一、常规农药与新型农药相结合，主要用于满足年度重大突发病虫害防治用药需求，并兼顾多年不遇非常见重大突发病虫害救治用药需求。
《办法》还对承储企业基本条件及选定方式，储备任务下达、动用及企业责任，监督管理等内容作出规定。